大多數(shù)感染者是無癥狀的，但可長期隨糞便排出包囊。因組織受侵犯而發(fā)生的癥狀包括間歇性腹瀉和便秘，胃腸脹氣和痙攣性腹痛。肝區(qū)和升結(jié)腸區(qū)可能有觸痛，大便含有粘液和血。
阿米巴痢疾在熱帶地區(qū)常見，但在溫帶地區(qū)不常見。其特征為頻繁發(fā)作的液狀或半液狀腹瀉，糞中常含有血液，粘液和活的滋養(yǎng)體。腹部體征從輕度觸痛直至伴有高熱和全身中毒癥狀的明顯腹痛。觸痛腫大的肝臟常伴有阿米巴結(jié)腸炎。復(fù)發(fā)之間，癥狀可減輕到反復(fù)發(fā)生的腹部痙攣和腹瀉或軟便，但虛弱和貧血仍繼續(xù)存在。也可能出現(xiàn)亞急性闌尾炎的癥狀，若對這類病人作外科手術(shù)可能引致腹膜炎。
慢性感染的癥狀與炎癥性腸病相似，表現(xiàn)為間歇性非痢疾樣腹瀉伴有腹痛，粘液便，腹部脹氣和體重減輕。慢性感染還可在升結(jié)腸和盲腸區(qū)出現(xiàn)觸痛的可捫及類似于癌腫的塊狀或環(huán)狀病變(阿米巴瘤)。
轉(zhuǎn)移性阿米巴病起源于結(jié)腸，可累及任何器官，但肝右葉的單個肝膿腫最為常見。它可發(fā)生在以前無癥狀的病人，男性比女性多見(7:1~9:1)，可不知不覺地發(fā)展加劇。癥狀包括肝區(qū)疼痛或不適，可隨活動而加劇，有時可痛及右肩；間歇熱，出汗，寒戰(zhàn)；惡心，嘔吐，虛弱和體重減輕。黃疸不常見，若有也僅僅是輕度黃疸。膿腫可穿破到膈下間隙，右胸膜腔，右肺和其他附近器官。有時可見滋養(yǎng)體直接感染所致的皮膚病變，好發(fā)于肛周和臀部以及外傷或手術(shù)的創(chuàng)口。

肝阿米巴病和阿米巴膿腫必須與細(xì)菌性肝膿腫和感染性肝棘球蚴囊腫等其他肝臟感染鑒別.