阿米巴結(jié)腸炎的潛伏期長短不一，1～2周或數(shù)月以上。可因食入的包囊數(shù)量、致病力以及機(jī)體抵抗力強(qiáng)弱不同，而出現(xiàn)不同的臨床表現(xiàn)。
1.無癥狀型 主要指那些阿米巴包囊攜帶者，多因普查發(fā)現(xiàn)，這些人由于癥狀輕微，常為病人所忽略。馬鞍山市防疫站曾報道1166例阿米巴原蟲陽性者中22.7%為無癥狀型。這些病人為本病重要的傳染源。
2.阿米巴腸炎 和普通腸炎類似，病人可有腹痛腹瀉，糞便不成形或稀便，混有黏液和未消化的食物，臭味較大。
3.阿米巴痢疾 和細(xì)菌性痢疾相似，但中毒癥狀較輕。病人可發(fā)熱38℃左右，腹痛，腹瀉，一天數(shù)次到10余次。大便呈血性黏液便，或糞便與血分開，有時可完全為血性便。若次數(shù)不多則糞便為暗紅色或果醬樣，奇臭。
在病人的新鮮糞便中，特別是在血性黏液處仔細(xì)尋找阿米巴原蟲，一旦找到了活動的吞噬有紅細(xì)胞的溶組織阿米巴滋養(yǎng)體，即可確診。一次未找到，應(yīng)重復(fù)多次檢查并爭取做細(xì)菌及阿米巴培養(yǎng)。鏡檢時應(yīng)注意保溫，否則阿米巴滋養(yǎng)體不活動，不易和巨噬細(xì)胞區(qū)別。乙狀結(jié)腸鏡檢查對診斷，特別是鑒別診斷很有幫助。急性期可看到其燒瓶樣潰瘍，潰瘍間黏膜正常。慢性期可看到腸黏膜增生肥厚、肉芽腫及息肉等，可在病變處取活體組織送病理檢查，進(jìn)一步確定其性質(zhì)。

阿米巴結(jié)腸炎應(yīng)與急、慢性腸炎，急、慢性菌痢，非特異性潰瘍性結(jié)腸炎，結(jié)腸癌等相鑒別。最主要的是糞便檢查和乙狀結(jié)腸鏡檢查。還應(yīng)與其他寄生蟲引起的腸炎表現(xiàn)相鑒別。如血吸蟲病人，可有腹痛腹瀉的癥狀，乙狀鏡檢查可看到腸黏膜上散在有黃色小顆粒，取活組織可查到血吸蟲卵。蘭氏賈第鞭毛蟲寄生在小腸中，可引起腹痛腹瀉癥狀，大便中可找到該蟲的包囊和滋養(yǎng)體，如做十二指腸引流，檢查引流液則陽性率更高。過去多年來認(rèn)為，寄生在人結(jié)腸中的脆雙核阿米巴是不致病的，但近年來國內(nèi)外均有人提出，脆雙核阿米巴可以使某些人出現(xiàn)胃腸道癥狀，以腹痛腹瀉最為多見。大便每天2～4次，呈糊狀，也可成形，結(jié)腸黏膜無明顯的病理變化。至今未證實(shí)它有包囊，因此感染途徑仍不清楚，有人認(rèn)為可能通過蟯蟲卵或幼蟲而感染到人體。此問題值得今后進(jìn)一步研究。脆雙核阿米巴滋養(yǎng)體較小，直徑3.5～12μm，鐵蘇木精染色可看到有2個核，不難與溶組織阿米巴滋養(yǎng)體相區(qū)別。