NTM可侵犯全身許多臟器和組織，其中以肺部最為常見。肺外病變包括淋巴結、皮膚、軟組織、骨骼等。
1.慢性肺病 常見致病菌為MAIC、堪薩斯分枝桿菌、偶發(fā)分枝桿菌、膿腫分枝桿菌及蟾蜍分枝桿菌等。上述細菌引起的肺部病變與肺結核很相似?；颊叱Ｓ新宰枞苑尾?、肺結核、矽肺、肺膿腫、支氣管擴張、囊性纖維化、糖尿病、潰瘍病及應用激素、免疫抑制劑的病史。男多于女，癥狀有咳嗽、咳痰、咯血、胸痛、呼吸困難、低熱、消瘦、乏力，但缺乏特異性，病情進展慢。X線胸片上病變多見于右上肺，顯示浸潤、空洞、結節(jié)、纖維干酪和廣泛纖維收縮等多種病變?？斩窗l(fā)生率高達80%，呈單發(fā)或多發(fā)，胞內分枝桿菌引起的空洞多位于胸膜下，壁薄，周圍滲出少。瘰疬分枝桿菌引起兒童的肺部病變，表現與原發(fā)型肺結核相似。MAIC感染可表現為彌漫性播散性病灶。NTM感染時，自病變初期到形成空洞常需2～4年。此外，很少發(fā)生胸膜反應滲出。
2.淋巴結炎 由NTM引起的淋巴結炎遠比淋巴結核多見。致病菌以鳥-胞內分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌及海分枝桿菌多見。多見于12歲以下兒童，以2～4歲兒童為主，0～5歲患兒占91%，發(fā)病率10倍于結核性淋巴結炎?；純憾嘤型婺嗤?、塘水習慣。病變位于頸部、頜下、腹股溝、肱骨內上踝、腋窩，淋巴結腫大，不疼，但可有觸痛，進展緩慢。淋巴結破潰后形成竇道。惡化與好轉反復交替，最后以纖維化和鈣化結局。
3.腦膜炎 常見于艾滋病、背部創(chuàng)傷及神經外科手術后患者。以鳥分枝桿菌、偶發(fā)分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌及堪薩斯分枝桿菌引起者多見，其臨床表現頗似結核性腦膜炎，但病死率較高。
4.皮膚和軟組織感染 由海分枝桿菌感染，多見于游泳池，或海水中游泳者皮膚擦傷，如肘、膝、踝、指(趾)處皮膚，開始時為紅褐色小丘疹、小結節(jié)或斑塊，隨后軟化破潰成為淺表性潰瘍，?？蛇w延數月乃至幾年，但不會形成瘺管。偶爾病變沿淋巴管呈向心性發(fā)展，病變多呈自限性。偶然分枝桿菌復合群可經局部皮膚傷口入侵形成局限性膿腫，局灶性蜂窩織炎，多為醫(yī)源性感染。潰瘍分枝桿菌常引起小腿和前臂無痛性皮下結節(jié)，繼而形成水皰，破潰導致壞死性潰瘍，表面覆蓋黃色壞死物，周圍皮膚隆起，色素沉著，稱為Baimsdal潰瘍(在澳大利亞稱Searl病;在烏干達稱Buruli潰瘍)，后期機化形成瘢痕可致畸形。瘰疬分枝桿菌也可引起皮膚肉芽腫性結節(jié)，破潰伴瘺管形成，同時伴淋巴結腫大。堪薩斯分枝桿菌感染?？梢痧酄罨蛉庋磕[樣丘疹及壞死性丘疹性膿皰等。偶有隆乳術后引發(fā)乳腺NTM感染。
5.骨骼系統病變 致病菌以堪薩斯分枝桿菌、鳥-胞內分枝桿菌、土地分枝桿菌及海分枝桿菌多見，常由傷口接觸土壤、水而感染?？梢鸸趋馈㈥P節(jié)、腱鞘、滑囊及骨髓感染。次要分枝桿菌可引起化膿性關節(jié)炎。
6.血源性播散性分枝桿菌病 見于嚴重細胞免疫抑制者，如血液系統惡性腫瘤或同時接受腎上腺糖皮質激素治療及艾滋病患者。致病菌多為鳥-胞內分枝桿菌，其次為堪薩斯分枝桿菌及瘰疬分枝桿菌。其臨床特點是病程長而有起伏，可累及各系統器官，對抗結核藥物耐藥，預后差，病死率高。肺部病變表現為炎性改變，其中1/4呈粟粒樣改變，也可出現肝脾腫大。瘰疬分枝桿菌和鳥-胞內分枝桿菌可引起全身性淋巴結腫大，其組織學酷似結節(jié)病。這兩種細菌還可引起廣泛的多發(fā)性骨骼病變，表現為慢性骨髓炎和竇道形成，遷延多年不愈，或反復發(fā)作。鳥-胞內分枝桿菌還可引起廣泛性腹腔內感染，包括腸系膜、腹膜后淋巴結和內臟彌漫性粟粒性病變等。
7.其他部位感染 尚有MAC引起泌尿、生殖系統感染;偶發(fā)分枝桿菌引起眼部及牙齒感染;林達分枝桿菌(M.linda)引起胃腸道感染;副結核分枝桿菌和斑尾林鴿分枝桿菌(M.wood pigeon)與克羅恩病有關。
8.醫(yī)院感染 近年來已對NTM引起醫(yī)院內感染的重視。世界上已有26起NTM感染的暴發(fā)流行報道，常見致病菌為快速生長的龜分枝桿菌、膿腫分枝桿菌所引起。主要發(fā)生于手術污染、介入治療污染、插管污染、人工透析污染及心臟體外循環(huán)污染等情況下引起感染。1998年我國深圳市某醫(yī)院在2個月內因消毒液錯配導致168例患者手術后受膿腫分枝桿菌感染的暴發(fā)流行，手術后患者發(fā)病率為57.53%(168/292)，其特點為發(fā)病人數多、發(fā)病率高、潛伏期長，是一次罕見的醫(yī)院感染。
非結核性分枝桿菌病的診斷有賴于臨床、X線和細菌培養(yǎng)及菌種鑒定，尤其是后者為確診的主要依據。根據2000年全國非典型分枝桿菌病研討會擬定的《非結核分枝桿菌病診斷與處理指南》意見，分述如下：
1.NTM感染 同時具有以下兩項條件者可診斷為NTM感染：
①PPD-NTM皮膚試驗陽性。
②缺乏組織、器官受到結核分枝桿菌感染的依據。
2.NTM病可疑者 具有以下條件之一者為NTM病可疑者，須進行NTM檢查：
①經近規(guī)抗結核治療無效的結核患者或標本涂片抗酸染色仍陽性者。
②標本涂片抗酸桿菌陽性而臨床表現與結核病不符者。
③標本分枝桿菌培養(yǎng)陽性，但菌落狀態(tài)、生長情況與結核桿菌復合群不同者。
④顯微鏡檢查有異常的分枝桿菌。
⑤初治結核患者首次分離的分枝桿菌對抗結核藥物耐藥。
⑥有免疫缺陷癥、白血病、腫瘤而長期應用免疫抑制劑、糖尿病等已排除結核病的肺部感染。
⑦醫(yī)源性或非醫(yī)源性軟組織損傷、手術后傷口長期不愈找不到原因者。
3.NTM肺病 具有呼吸系統癥狀或伴全身癥狀，有X線胸片顯示的肺部病變，已排除其他疾病，在確保標本無污染的條件下，具有以下條件之一者可診斷為NTM肺?。?br /> ①痰NTM培養(yǎng)3次均為同一NTM菌。
②痰NTM培養(yǎng)2次為同一NTM菌，1次痰涂片抗酸染色陽性。
③支氣管灌洗液NTM培養(yǎng)陽性。
④支氣管肺活檢物NTM培養(yǎng)陽性。
⑤肺活檢見與NTM病變相似的肉芽腫，痰NTM培養(yǎng)1次陽性。
4.肺外NTM病 有局部或伴全身癥狀，經檢查有肺外組織、器官病變，已排除其他疾病，在確保標本無污染的條件下，病變組織NTM培養(yǎng)陽性，即可診斷。NTM淋巴結炎應與其他細菌所致的化膿性淋巴結炎、結核性淋巴結炎、貓抓病、傳染性單核細胞增多癥等相鑒別，PPD-NTM皮試有區(qū)別價值。

NTM肺病應與肺結核、支氣管擴張、支原體肺炎、肺囊性纖維化、軍團病、肺部真菌病及卡氏肺孢菌病等相鑒別，有賴PPD-NTM皮試及病原學檢查。播散性NTM病應與敗血癥、傷寒、播散性真菌病、全身粟粒性結核等鑒別，主要依靠PPD-NTM皮試及病原學檢查。