少數(shù)肛周膿腫用抗生素，熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數(shù)需要手術(shù)治療，手術(shù)有兩種方式。
（一）單純性膿腫的治療
可在截石位或側(cè)臥下，用局麻或腰麻，在膿腫部位做放射狀切口，放出膿液后，伸入食指探查膿腔大小，分開其間隔。必要時(shí)將切口邊緣皮膚切開少許，以利引流，最后用凡士林紗條放入膿腔做引流。
（二）膿腔與肛瘺相通的膿腫
可在切開膿腫后，用探針仔細(xì)檢查內(nèi)口，然后切開瘺管，適當(dāng)切除皮膚和皮下組織，內(nèi)口周圍組織也稍加切除，使引流通暢。如內(nèi)口較深，瘺管通過(guò)肛管括約肌，可采用掛線療法。以上手術(shù)優(yōu)點(diǎn)是膿腫一期治愈，不再形成肛瘺。但在急性炎癥中，找內(nèi)口有困難時(shí)，不應(yīng)盲目尋找，以免炎癥蔓延或形成假道，僅做切開排膿，待形成肛瘺后，再做肛瘺手術(shù)。二期手術(shù)優(yōu)點(diǎn)是效果準(zhǔn)確，治愈率高。
值得注意的是，文獻(xiàn)報(bào)告肛門周圍膿腫單純切開引流治療也有些不再?gòu)?fù)發(fā)，如Hanley(1978)報(bào)道35%～40%無(wú)復(fù)發(fā)。Scoma(1974)34%無(wú)復(fù)發(fā)。Vasilevsky(1984)103例肛門直腸膿腫切開引流治療，隨訪1月至9年，括約肌間膿腫無(wú)復(fù)發(fā)，83例肛門周圍膿腫及9例坐骨直腸窩膿腫，11%發(fā)生復(fù)發(fā)膿腫，37%形成肛瘺。因此，一期手術(shù)不應(yīng)作為常規(guī)手術(shù)，以免影響肛門功能。