及早治療可以提高治愈率，但在應用抗生素治療前應抽取足夠的血培養(yǎng)，根據(jù)病情的輕重推遲抗生素治療幾小時乃至1～2天，并不影響本病的治愈率和預后。而明確病原體，采用最有效的抗生素是治愈本病的最根本的因素。
（一）藥物治療　一般認為應選擇較大劑量的青霉素類、鏈霉素、頭孢菌素類等殺菌劑，它們能穿透血小板-纖維素的贅生物基質(zhì)，殺滅細菌，達到根治瓣膜的感染、減少復發(fā)的危險。抑菌劑和殺菌劑的聯(lián)合應用，有時亦獲得良好的療效。療效取決于致病菌對抗生素的敏感度，若血培養(yǎng)陽性，可根據(jù)藥敏選擇藥物。由于細菌深埋在贅生物中為纖維蛋白和血栓等掩蓋，需用大劑量的抗生素，并維持血中有效殺菌濃度。有條件時可在試管內(nèi)測定患者血清中抗生素的最小殺菌濃度，一般在給藥后1小時抽取，然后按照殺菌劑的血清稀釋水平至少1∶8時測定的最小殺菌濃度給予抗生素。療程亦要足夠長，力求治愈，一般為4～6周。
對疑患本病的患者，在連續(xù)送血培養(yǎng)后，立即用靜脈給予青霉素G每日600萬～1200萬u，并與鏈霉素合用，每日1～2g肌注。若治療3天發(fā)熱不退，應加大青霉素G劑量至2000萬u靜脈滴注，如療效良好，可維持6周。當應用較大劑量青霉素G時，應注意腦脊液中的濃度，過高時可發(fā)生神經(jīng)毒性表現(xiàn)，如肌陣攣、反射亢進、驚厥和昏迷。此時需注意與本病的神經(jīng)系統(tǒng)表現(xiàn)相鑒別，以免誤診為本病的進一步發(fā)展而增加抗生素劑量，造成死亡。如療效欠佳宜改用其他抗生素，如半合成青霉素。苯唑青霉素（oxacillin），阿莫西林（Aspoxicillin），哌拉西林（氧哌嗪青霉素，piperacillin）等，每日6～12g，靜脈給予；頭孢噻吩（cephalothin）6～12g/d或萬古霉素（vacomycin），2～3g/d等。以后若血培養(yǎng)獲得陽性，可根據(jù)細菌的藥敏適當調(diào)整抗生素的種類和劑量。為了提高治愈的百分率，一般主張靜脈或肌肉內(nèi)間歇注射，后者引起局部疼痛，常使患者不能接受。因此亦可將青霉素G鉀鹽日間作緩慢靜脈滴注（青霉素G鉀鹽每100萬u含鉀1.5mEq/L，當予以極大劑量時應警惕高鉀的發(fā)生），同時輔以夜間肌注。
草綠色鏈球菌引起者仍以青霉素G為首選，多數(shù)患者單獨應用青霉素已足夠。對青霉素敏感性差者宜加用氨基醣甙類抗生素，如慶大霉素（gentamycin）12萬～24萬u/d；妥布霉素（tobramycin）3～5mg(kg·d）或阿米卡星（丁胺卡那霉素），1g/d。青霉素是屬細胞壁抑制劑類，和氨基醣甙類藥物合用，可增進后者進入細胞內(nèi)起作用。對青霉素過敏的患者可用紅霉素、萬古霉素或第一代的頭孢菌素。但要注意的是有青霉素嚴重過敏者，如過敏性休克，忌用頭孢菌素類，因其與青霉素可出現(xiàn)交叉過敏反應（約1）。
腸球菌性心內(nèi)膜炎對青霉素G的敏感性較差，需用200萬～4000萬u/d。因而宜首選氨芐青霉素（ampicillin）6～12g/d或萬古霉素和氨基醣甙類抗生素聯(lián)合應用，療程6周。頭孢菌素對腸球菌作用差，不能替代其中的青霉素。近來一些產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶對氨基醣苷類藥物耐藥的菌株也有所報道，也出現(xiàn)了對萬古霉素耐藥的菌株。可選用奎諾酮類的環(huán)丙沙星（環(huán)丙氟哌酸，Ciprofloxacin），舒巴克坦-氨芐西林（優(yōu)立新，Sulbactam-Ampicillin）和泰寧（Imipenem）等藥物。
金黃色葡萄球菌性心內(nèi)膜炎，若非耐青霉素的菌株，仍選用青霉素G治療，1000萬～2000萬u/d和慶大霉素聯(lián)合應用。耐藥菌株可選用第一代頭孢菌素類，萬古霉素，利福平（Riforpin）和各種耐青霉素酶的青霉素，如苯唑西林（oxacillin）等。治療過程中應仔細地檢查是否有必須處理的轉(zhuǎn)移病灶或膿腫，避免細菌從這些病灶再度引起心臟病變處的種植。表皮葡萄球菌侵襲力低，但對青霉素G效果欠佳，宜萬古霉素、慶大霉素、利福平聯(lián)合應用。
革蘭陰性桿菌引起的心內(nèi)膜炎病死率較高，但作為本病的病原菌較少見。一般以β-內(nèi)酰胺類和氨基醣苷類藥物聯(lián)合應用?？筛鶕?jù)藥敏選用第三代頭孢菌素，如頭孢哌酮（cefoperazone先鋒必）4～8g/d；頭孢噻肟（cefotaxime）6～12g/d；頭孢曲松（ceftriaxone，菌必治）2～4g/d。也可用氨芐青霉素和氨基醣甙類聯(lián)合應用。
綠膿桿菌引起者可選用第三代頭孢菌素，其中以頭孢他啶（ceftazidine）最優(yōu)，6g/d。也可選用哌拉西林（piperacillin）和氨基糖類合用或多糖菌素B（polymyxin B）100mg/d，多糖菌素E150mg/d。
沙雷菌屬可用氧哌嗪青霉素或氨芐青霉素加上氨基醣甙類藥物。厭氧菌感染可用0.5%甲硝唑（metronidazole，滅滴靈）1.5～2g/d，分3次靜脈滴注，或頭孢西丁（cefoxitin）4～8g/d。也可選用先鋒必（對厭氧菌屬中的弱擬桿菌無效）。
真菌性心內(nèi)膜炎死亡率高達80%～100%，藥物治愈極為罕見，應在抗真菌治療期間早期手術切除受累的瓣膜組織，尤其是真菌性的PVE，且術后繼續(xù)抗真菌治療才有可能提供治愈的機會。藥物治療仍以二性霉素Ｂ（amphotericin B）為優(yōu)，0.1mg/kg/d開始，逐步增加至1mg/(kg·d），總劑量1.5～3g。二性霉素B的毒性較大，可引起發(fā)熱、頭痛、顯著胃腸道反應、局部的血栓性靜脈炎和腎功能損害，并可引起神經(jīng)系統(tǒng)和精神方面的改變。5-氟胞嘧啶（5-FC，flurocytosine）是一種毒性較低的抗真菌藥物，單獨使用僅有抑菌作用，且易產(chǎn)生耐藥性。和二性霉素B合并應用，可增強殺真菌作用，減少二性霉素B的用量及減輕5-FC的耐藥性。后者用量為150mg/(kg·d)靜脈滴注。
立克次體心內(nèi)膜炎可選用四環(huán)素2g/d靜脈給藥治療6周。
對臨床高度懷疑本病，而血培養(yǎng)反復陰性者，可憑經(jīng)驗按腸球菌及金葡菌感染，選用大劑量青霉素和氨基醣甙類藥物治療2周，同時作血培養(yǎng)和血清學檢查，除外真菌、支原體、立克次體引起的感染。若無效，改用其它殺菌劑藥物，如萬古霉素和頭孢菌素。
感染心內(nèi)膜炎復發(fā)時，應再治療，且療程宜適當延長。
（二）手術治療　近年來手術治療的開展，使感染性心內(nèi)膜炎的病死率有所降低，尤其在伴有明顯心衰者，死亡率降低得更為明顯。
自然瓣心內(nèi)膜炎的手術治療主要是難治性心力衰竭；其它有藥物不能控制的感染，尤其是真菌性和抗生素耐藥的革蘭陰性桿菌心內(nèi)膜炎；多發(fā)性栓塞；化膿性并發(fā)癥如化膿性心包炎、瓦氏竇菌性動脈瘤（或破裂）、心室間膈穿孔、心肌膿腫等。當出現(xiàn)完全性或高度房室傳導阻滯時，可給予臨時人工心臟起搏，必需時作永久性心臟起搏治療。
人造瓣膜心內(nèi)膜炎病死率較自然瓣心內(nèi)膜炎為高。單用抗生素治療的PVE死亡率為60%，采用抗生素和人造瓣再手術方法可使死亡率降至40%左右。因此一旦懷疑PVE宜數(shù)小時內(nèi)至少抽取3次血培養(yǎng)后即使用至少兩種抗生素治療。早期PVE致病菌大多侵襲力強，一般主張早期手術。后期PVE大多為鏈球菌引起，宜內(nèi)科治療為主。真菌性PVE內(nèi)科藥物治療僅作為外科緊急再換瓣術的輔助手術，應早期作再換瓣術。耐藥的革蘭陰性桿菌PVE亦宜早期手術治療。其他如瓣膜功能失調(diào)所致中、重度心衰，瓣膜破壞嚴重的瓣周漏或生物瓣膜的撕裂及瓣膜狹窄，和新的傳導阻滯出現(xiàn)。頑固性感染，反復周圍栓塞，都應考慮更換感染的人造瓣。
絕大多數(shù)右側心臟心內(nèi)膜炎的藥物治療可收到良效，同時由于右心室對三尖瓣和肺動脈瓣的功能不全有較好的耐受性，一般不考慮手術治療。對內(nèi)科治療無效，進行性心力衰竭和伴有綠膿桿菌和真菌感染者常須外科手術，將三尖瓣切除或置換。
為了降低感染活動期間手術后的殘余感染率，術后應持續(xù)使用維生素4～6周。