1.造血干細胞移植
這是針對粘多糖病的特異性治療,起源于上世紀80年代。造血干細胞移植最大的缺點是存在較高的死亡率，大概是70%左右。目前的共識是對于Ⅰ型的重型患者，若能在2歲前進行造血干細胞移植，能改變疾病的自然進程，促進身高的增加，改善多臟器的貯積癥狀，特別是神經(jīng)系統(tǒng)的受益大，但對已經(jīng)發(fā)生的心臟瓣膜改善作用不大。Ⅵ型患者骨髓移植效果也可，但隨著時間的進展，造血干細胞可能會逐漸被排除掉。以往認為造血干細胞移植對Ⅱ型的神經(jīng)系統(tǒng)累及沒有效果，近期日本的資料顯示3歲前進行骨髓移植效果還是有的。
2.酶替代治療
這也是針對粘多糖病的特異性治療，通過靜脈輸液途徑提供通過生物工程的方法獲得患者所缺乏的酶，起源于上世紀90年代，2003年被美國FDA批準用于臨床治療。酶替代治療的優(yōu)點在于安全性好。目前Ⅰ型，Ⅱ型，Ⅵ型均有對應的酶替代治療。針對ⅣA型的酶目前處于臨床藥物試驗階段。對于Ⅵ型和Ⅰ型輕型的患者，則首選酶替代治療。重型患者進行造血干細胞移植的圍手術期間，也應該進行酶替代治療。酶替代治療的費用非常昂貴。
3.對癥支持治療
如康復治療，心瓣膜置換，疝氣修補術，人工耳蝸，角膜移植等改善患者的生活質量。