潛伏期2～28天，一般7～12天。因受染者免疫水平以及受染菌株的不同，臨床表現(xiàn)復(fù)雜多樣。
1.早期(感染毒血癥期) 發(fā)病后3天以內(nèi)，主要表現(xiàn)為突然寒戰(zhàn)、發(fā)熱，體溫可達(dá)39℃，多呈弛張熱型，可伴有頭痛，無力，結(jié)膜充血或出血，腓腸肌痛及壓痛可在第1天出現(xiàn)，淋巴結(jié)腫大第2天出現(xiàn)，以腹股溝及腋窩部為多。
2.器官損傷期 病后3～10天，根據(jù)癥狀分為不同的臨床類型。
(1)流感傷寒型：為早期癥狀的繼續(xù)，無明顯或嚴(yán)重器官損害及功能不全。
(2)黃疸出血型：即外耳病(Weil’s disease)，國內(nèi)較少見。
(3)腦膜腦炎型：發(fā)病數(shù)天即出現(xiàn)腦膜刺激癥，重者可抽搐、昏迷、腦疝、呼吸衰竭以及各種神經(jīng)損害癥。
(4)肺出血型：在早期感染中毒癥候群的基礎(chǔ)上，出現(xiàn)咯血，但無明顯肺部啰音和呼吸功能障礙者，稱肺出血普通型。如有感染中毒敗血癥反應(yīng)的同時，出現(xiàn)進(jìn)行性呼吸困難，缺氧和窒息，迅速發(fā)展的啰音以及X線表現(xiàn)雙肺彌漫性出血陰影，稱為肺彌漫性出血型。此型發(fā)展快，病情進(jìn)展分3期。
①先兆期：患者面色蒼白，煩躁逐漸加重，呼吸、心率進(jìn)行性增快，肺部有散在的、逐漸增多的干、濕啰音，可有血痰或咯血。
②出血期：如先兆期內(nèi)未及時治療，短期內(nèi)面色極度蒼白，唇發(fā)紺，煩躁。呼吸心率顯著加快。第一心音減弱或出現(xiàn)奔馬律，雙肺布滿濕啰音，多數(shù)有不同程度的咯血。
③垂危期：如病情未能控制，可在短期內(nèi)(1～3天)病情迅速加劇，表現(xiàn)極度煩躁不安，神志模糊，甚至昏迷。喉有痰鳴，極度發(fā)紺，大口鮮血從口、鼻涌出(呈泡沫狀)，可發(fā)生窒息，心率減慢，呼吸不規(guī)則甚至停止。上述演變過程短則數(shù)小時，長則12～24h。該病的發(fā)病機(jī)制可能由于機(jī)體對病原體及其有毒物質(zhì)的超敏反應(yīng)的結(jié)果。其理由：A.發(fā)病迅速、兇猛，恢復(fù)亦迅速。肺部病灶消失快，未見血管破裂，大出血是經(jīng)過充血、淤血和溢血3個過程;B.激素治療有特效;C.凝血功能正常，未見DIC表現(xiàn)。
3.后期 起病7～14天后，大部分病人很快恢復(fù);部分病例經(jīng)早期感染中毒癥狀后，無中期明顯器官損害，即進(jìn)入后期，表現(xiàn)為后期的并發(fā)癥。
本病臨床表現(xiàn)復(fù)雜，因而早期診斷較為困難，易誤診、漏診。應(yīng)結(jié)合流行病學(xué)特點。早期的臨床癥狀和病原學(xué)和血清學(xué)檢查綜合判斷，并與其他疾病鑒別。

肺出血型應(yīng)與肺結(jié)核、支氣管擴(kuò)張、腫瘤等鑒別。