臨床癥狀主要包括上腹痛、腹脹、早飽、噯氣、厭食、燒心、反酸、惡心和嘔吐。病程多在2年內，癥狀可反復發(fā)作，也可在相當一段時間內無癥狀?？梢阅骋话Y狀為主，也可有多個癥狀的疊加。多數(shù)難以明確引起或加重病情的誘因。
1989年，美國芝加哥專題會議將功能性消化不良分為5個亞型：①反流樣消化不良(reflux-like dyspcpsia);②運動障礙樣消化不良(dysmotility-like dyspepsia);③潰瘍樣消化不良(ulcer-like dyspepsia);④吞氣癥(aerophagia); ⑤特發(fā)性消化不良(idiopathic dyspepsia)。但后面的兩型概念比較模糊，有的學者提出分成3型(即前3型)。但目前采用較多的是4型分類：①運動障礙樣型;②反流樣型;③潰瘍樣型;④非特異型。
1.運動障礙樣消化不良 此型患者的表現(xiàn)以腹脹、早飽、噯氣為主。癥狀多在進食后加重。過飽時會出現(xiàn)腹痛、惡心，甚至嘔吐。動力學檢查約50%～60%患者存在胃近端和遠端收縮和舒張障礙。
2.反流樣消化不良 突出的表現(xiàn)是胸骨后痛，燒心，反流。內鏡檢查未發(fā)現(xiàn)食管炎，但24h pH監(jiān)測可發(fā)現(xiàn)部分患者有胃食管酸反流。對于無酸反流者出現(xiàn)此類癥狀，認為與食管對酸敏感性增加有關。
3.潰瘍樣消化不良 主要表現(xiàn)與十二指腸潰瘍特點相同，夜間痛，饑餓痛，進食或服抗酸藥能緩解，可伴有反酸，少數(shù)患者伴燒心，癥狀呈慢性周期性。內鏡檢查未發(fā)現(xiàn)潰瘍和糜爛性炎癥。
4.非特異型消化不良 消化不良表現(xiàn)不能歸入上述類型者，常合并腸易激綜合征。
但是，除了反流樣消化不良，其他幾種分類并無重要的臨床意義。許多病人并不止歸入一個亞型;而且這種分類與病理生理學紊亂和臨床療效無關。例如：動力障礙亞型的消化不良病人，胃輕癱的發(fā)生率并不比其他亞型高;促動力藥對他們的療效也并不一定好于其他亞型病人。然而，反流亞型的消化不良病人胃食管反流的發(fā)生率，確實要高于其他亞型病人，且抗反流治療效果更好。
1.診斷 對于功能性消化不良的診斷，首先應排除器質性消化不良。除了仔細詢問病史及全面體檢外，應進行相應的輔助檢查及實驗室檢查。多數(shù)根據第一線檢查即可基本確定功能性消化不良的診斷。此外，許多原因不明的腹痛、惡心、嘔吐患者往往經胃腸道壓力檢查找到了病因，這些檢查也逐漸開始應用于兒科病人。
2.功能性消化不良通用的診斷標準
(1)臨床表現(xiàn)：慢性上腹痛、腹脹、早飽、噯氣、反酸、燒心、惡心、嘔吐、喂養(yǎng)困難等上消化道癥狀，持續(xù)至少4周。
(2)輔助檢查：內鏡檢查未發(fā)現(xiàn)胃、十二指腸潰瘍、糜爛、腫瘤等器質性病變，未發(fā)現(xiàn)食管炎，也無上述疾病史。B超、X線檢查，排除肝、膽、胰疾病。
(3)實驗室檢查，排除肝、膽、胰疾病。
(4)無糖尿病史，結締組織病，腎臟疾病及精神病。
(5)無腹部手術史。
3.羅馬Ⅱ診斷標準 羅馬Ⅱ對小兒功能性消化不良的診斷采用了成人的標準，具體如下：
下列癥狀在12個月內至少出現(xiàn)12周，但無須連續(xù)：
(1)上腹部持續(xù)性或復發(fā)性疼痛或不適感。
(2)無器質性疾病的證據。
(3)排便后不緩解，大便的次數(shù)及形狀無改變。

1.胃食管反流 胃食管反流性疾病功能性消化不良中的反流亞型與其鑒別困難，胃食管反流性疾病具有典型或不典型反流癥狀，內鏡證實有不同程度的食管炎癥改變，24h食管pH監(jiān)測有酸反應，無內鏡下食管炎表現(xiàn)的患者屬于反流樣消化不良或胃食管反流性疾病不易確定，但兩者在治療上是相同的。 2.消化性潰瘍 具有潰瘍樣癥狀的器質性消化不良包括：十二指腸潰瘍，十二指腸炎，幽門管潰瘍，幽門前區(qū)潰瘍，糜爛性胃竇炎。在診斷功能性消化不良潰瘍亞型前必須進行內鏡檢查以排除以上器質性病變。 　　3.胃輕癱 許多全身性的或消化道疾病均可引起胃排空功能的障礙，造成胃輕癱。較常見的原因有糖尿病、尿毒癥、結締組織病。在診斷功能性消化不良運動障礙亞型時，應仔細排除其他原因所致的胃輕癱。 　4.慢性難治性腹痛(CIPA) CIPA病人70%為女性，多有身體或心理創(chuàng)傷史。病人常常主訴有長期腹痛(超過6個月)，且腹痛彌漫，多伴有腹部以外的癥狀。大多數(shù)病人經過廣泛的檢查而結果均為陰性。這類病人多數(shù)有嚴重的潛在的心理疾患，包括抑郁、焦慮和軀體形態(tài)的紊亂。他們常堅持自己有嚴重的疾病并要求進一步檢查。對這類病人應提供多種方式的心理、行為和藥物聯(lián)合治療。