潛伏期長短不一，如攝入活菌為主，約為食后6～14h。驟起腹痛、腹瀉、水樣便，惡心，嘔吐較少，少數(shù)患者有發(fā)熱。如攝入細菌毒素為主者，潛伏期較短，1～5h，甚至可短到數(shù)十分鐘，以嘔吐為主，伴有腹痛。少數(shù)繼以腹瀉，無明顯發(fā)熱。多為自限性，持續(xù)4～24h恢復(fù)。
凡進食剩飯或其他可疑食物6～14h出現(xiàn)嘔吐、腹痛、腹瀉者，均應(yīng)疑及蠟樣芽孢桿菌食物中毒，確診有賴從可疑食物及患者糞便中培養(yǎng)出蠟樣芽孢桿菌。菌量應(yīng)達到每克糞便含105或以上，始有診斷意義。其細菌應(yīng)作血清型及生物型鑒定，并應(yīng)進行腸毒素試驗，確定有無致病力。

臨床應(yīng)與一般腸炎相鑒別。