囊型棘球蚴病的潛伏期冗長。臨床表現視其寄生部位，囊腫大小與有無并發(fā)癥而異。病程早期無自覺癥狀，患者全身健康狀況良好。
1.肝囊型包蟲病 最為常見，多位于右葉(80%～85%)，常接近肝臟表面，故主要癥狀是右上腹或上腹部無痛性腫塊，表面光滑，質度較堅。極少數患者(2%～3%)叩診時可觸到包蟲震顫，因子囊互相撞擊引起囊壁震動所致。巨大肝右葉包蟲囊患者的肝臟左葉常有代償性腫大。左葉包蟲囊的體征出現較早且較顯著。肝臟右葉頂部的包蟲囊向上生長引起膈肌升高，使運動受限。肝包蟲囊向下生長，位于肝門附近偶可壓迫膽總管引起黃疸，或壓迫門靜脈引起門脈高壓癥：脾腫大，食管下段靜脈曲張或腹水，但較少見。肝包蟲病主要并發(fā)癥有感染(16.2%～26.9%)和破裂(4.3%～11.5%)，兩者常互為因果：
(1)細菌感染大多來自膽管，也可因外傷或穿刺引起。臨床上有發(fā)熱，肝區(qū)疼痛，白細胞與中性粒細胞增多、酷似肝膿腫。但由于外囊囊壁較厚、細菌與毒素不易吸收入血，故毒血癥癥狀較輕。肝右葉頂部包蟲囊感染，除膈肌抬高，運動受阻外，也可引起反應性胸膜炎與積液。
(2)肝包蟲囊穿破是常見而嚴重的并發(fā)癥。包蟲囊內張力甚高，診斷性穿刺無不引起囊液外溢。包蟲囊破裂也可因外傷引起。大量囊液破入腹腔或胸腔可引起過敏性休克，并使囊液中頭節(jié)播散移植至腹腔或胸腔內產生多發(fā)性繼發(fā)包蟲囊腫。
2.肺囊型包蟲病 以右肺(2/3)較左肺多，下中葉較上葉多。早期肺包蟲囊較小，患者無自覺癥狀，常在胸部X線透視時發(fā)現。肺包蟲囊逐漸長大則可引起胸痛、咳嗽、痰血等癥狀，胸痛為持續(xù)性隱痛。痰中帶血亦較常見(約1/3)，偶爾包蟲囊腫破裂時可發(fā)生大咯血。約1/3患者包蟲囊穿破至支氣管。穿破時患者突然發(fā)生陣發(fā)性嗆咳，呼吸困難，咯出大量水樣囊液與粉皮狀角皮膜以及咯血，偶爾因大量囊液溢出與堵塞引起窒息。并發(fā)感染時，患者有發(fā)熱、咳膿痰等癥狀。
3.腦囊型包蟲病 發(fā)病率在1%左右，多見于兒童，以頂葉為常見，大多伴有肝與肺包蟲病。臨床癥狀為頭痛、視神經盤水腫等顱內高壓癥，常有癲癇發(fā)作。腦電圖可見局限性慢波。顱腦CT掃描及磁共振影像可見大的囊腫陰影，有定位與定性診斷價值。
其他器官的細粒棘球蚴病如脾、腎、骨等主要表現為占位性囊腫引起的壓迫癥狀，幾乎都伴有肝或肺包蟲病的癥狀。
凡在流行區(qū)有與狗密切接觸史，包蟲皮內試驗與血清免疫學試驗陽性者提示有包蟲感染。肝臟B超與CT掃描發(fā)現有囊腫有助于診斷，但需與非寄生蟲性囊腫如先天性肝囊腫、肝血管瘤等相鑒別。肺包蟲囊破入支氣管，患者咳出粉皮樣物質，顯微鏡下查到粉皮樣膜狀物、頭節(jié)或小鉤可確定診斷。

需與非寄生蟲性囊腫如先天性肝囊腫、肝血管瘤等相鑒別。